FileZillaのメニューから[表示]-[ファイル名のフィルタ]を選択します。
フィルター設定から、[フィルタールールを編集]をクリックします。
左側の Useless Explorer files をクリックすると右側に設定内容が表示されます。
Thumbs.db, desktop.ini, ehthumbs.db を除外する設定があるので、右端の[+]をクリックしします。
ファイル名 等しい .DS_Store を追加してOKを押し、ローカルフィルター側で、先程編集したフィルターにチェックを付けてOKで完了です。